habr.com Open in urlscan Pro
178.248.237.68  Public Scan

Form analysis
0 forms found in the DOM

Text Content

Хабрβ
Открыть список
Как стать автором
Здесь ищут менторов в IT
Апытанне аб працадаўцах Беларусі ў ІТ
Моя лентаВсе потокиРазработкаАдминистрированиеДизайнМенеджментМаркетингНаучпоп
Поиск
Написать публикацию
Настройки
Войти

Обновить
14 дек 2021 в 22:24


КАК УСТАНОВИТЬ AMBER20/AMBERTOOLS21 НА M1 MAC


БиологияХимия
Ожидает приглашения

Я потратил бессонную ночь, разбираясь в этом, и решил поделиться с комьюнити.


СКАЧАТЬ ИСХОДНЫЙ КОД

Исходный код ambertools можно скачать на странице. В разделе Option 3 требуется
указать ваши credentials.

Скачивается файл AmberTools21.tar.bz2. Распаковать: 

tar xvjf AmberTools21.tar.bz2


УСТАНОВИТЬ MPI

MPI - способ распараллеливания программ. Я думаю, нет никакого смысла в нативной
установке AmberTools на M1, если вы не собираетесь использовать многопоточность.

Я предпочитаю установку через homebrew (если у вас его нет, он определенно
должен у вас быть).

brew install open-mpi

Альтернативно можно скачать и установить Current stable release. По умолчанию он
установится в /usr/local. Параметр -j позволяет воспользоваться многопоточностью
для сборки программы.

tar xvjf openmpi-4.1.2.tar.bz2
cd openmpi-4.1.2
./configure --prefix=/usr/local
make -j 8 install

Проверьте, что в системе появилась команда mpirun.


ИСПРАВИТЬ УСТАНОВОЧНЫЕ ФАЙЛЫ

В файле amber20_src/build/run_cmake на строке 31 меняем -DMPI=FALSE на
-DMPI=TRUE. Тут же я предлагаю поменять место установки, это параметр
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX. По умолчанию местом установки будет директория, в
которой содержится amber20_src, мне кажется более подходящим местом папка
/opt/amber20.

$cmake $AMBER_PREFIX/amber20_src \
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/amber20 \
    -DCOMPILER=CLANG  -DBLA_VENDOR=Apple \
    -DMPI=TRUE -DCUDA=FALSE -DINSTALL_TESTS=TRUE \
    -DDOWNLOAD_MINICONDA=TRUE -DMINICONDA_USE_PY3=TRUE \
    2>&1 | tee cmake.log

Основная проблема в установке AmberTools на arm64 - то, что для своей работы он
устанавливает себе Miniconda. Он устанавливает x86 версию, которая потом
конфликтует с остальными своими программами, которые корректно компилируются под
arm64.

Чтобы заставить его устанавливать arm64 версию, файле
amber20_src/cmake/UseMiniconda.cmake на строчке 98 поменяйте:

set(MINICONDA_INSTALLER ${MINICONDA_DOWNLOAD_DIR}/${MINICONDA_INSTALLER_FILENAME})
set(INSTALLER_URL "http://repo.continuum.io/miniconda/${MINICONDA_INSTALLER_FILENAME}")

На

	set(MINICONDA_INSTALLER ${MINICONDA_DOWNLOAD_DIR}/Mambaforge-MacOSX-arm64.sh)
	set(INSTALLER_URL "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-MacOSX-arm64.sh")

Miniforge - это версия Miniconda, которая пользуется для установки пакетов
только каналом conda-forge, который управляется сообществом. Сейчас он нас
интересует потому что в отличие от Miniconda, для Miniforge существует версия
для M1.

Я здесь использую установщик Mambaforge, это вариант Miniforge, который
использует для установки менеджер пакетов mamba. Это не влияет на
функциональность, но делает установку быстрее.


УСТАНОВКА

Переходим в папку amber20_src/build. Запускаем ./run_cmake. У меня этот процесс
занял 8 минут. Вы должны увидеть следующее:

Запускаем установку. sudo требуется, чтобы установить программу в папку /opt,
так как она закрыта на MacOS, если вы выбрали другое место для установки, это не
обязательно. Параметр -j позволяет воспользоваться многопоточностью для сборки
программы.

sudo make -j 8 install

Чтобы в вашем $PATH появились программы из установленного пакета AmberTools,
впишите в свой файл .zshrc скрипт для инициализации. Или просто запомните эту
команду и запускайте каждый раз, когда вы хотите заняться молекулярной
динамикой.

echo "source /opt/amber20/amber.sh" >> ~/.zshrc
source ~/.zshrc

Закрыть

Теги:
   
 * amber
 * ambertools
 * молекулярная динамика
 * m1
 * arm
 * mac
 * macos
 * туториал
 * туториалы
 * установка
   
   

Хабы:
   
 * Биология
 * Химия
   
   

Данная статья не подлежит комментированию, поскольку её автор ещё не является
полноправным участником сообщества. Вы сможете связаться с автором только после
того, как он получит приглашение от кого-либо из участников сообщества. До этого
момента его username будет скрыт псевдонимом.


О ПЕСОЧНИЦЕ

Это «Песочница» — раздел, в который попадают дебютные публикации пользователей,
желающих стать полноправными участниками сообщества.

Если у вас есть приглашение, отправьте его автору понравившейся публикации —
тогда её смогут прочитать и обсудить все остальные пользователи Хабра.

Чтобы исключить предвзятость при оценке, все публикации анонимны, псевдонимы
показываются случайным образом.


О МОДЕРАЦИИ

Точно не пройдут модерацию:

 * новости, анонсы и пресс-релизы;
 * материалы рекламного характера;
 * вакансии (для этого предназначена «Хабр Карьера»)
 * вопросы (используйте «Хабр Q&A»);
 * просьбы о помощи в решении задач (используйте «Хабр Фриланс»);
 * жалобы на компании и предоставляемые услуги;
 * куски программного кода без подробных пояснений;
 * публикации, ранее опубликованные на других сайтах;
 * односложные материалы (пара абзацев или видеоролик);
 * статьи, слабо относящиеся к IT-тематике или не относящиеся к ней вовсе;
 * публикации, нарушающие правила сайта.

С большой вероятностью не пройдут модерацию (или будут отправлены на доработку):

 * материалы с низким (менее 75%) показателем уникального текста;
 * публикации без правильно расставленных знаков препинания, со смайликами,
   с обилием восклицательных знаков, неоправданным выделением слов
   и предложений;
 * плохо оформленные публикации (подробнее);



Ваш аккаунт

   
 * Войти
 * Регистрация
   

Разделы

   
 * Статьи
 * Новости
 * Хабы
 * Компании
 * Авторы
 * Песочница
   

Информация

   
 * Устройство сайта
 * Для авторов
 * Для компаний
 * Документы
 * Соглашение
 * Конфиденциальность
   

Услуги

   
 * Корпоративный блог
 * Медийная реклама
 * Нативные проекты
 * Образовательные программы
 * Стартапам
   

FacebookTwitterVKTelegramYoutubeЯндекс Дзен
Настройка языкаТехническая поддержка
© 2006–2024, Habr